¿Qué es la secuenciación de bisulfito?

La secuenciación de bisulfito es un método en el que se analizan diferentes regiones de ADN utilizando metilación. La metilación es el proceso de agregar una molécula específica, llamada grupo metilo, a un nucleótido, en este caso generalmente una citosina. Los nucleótidos inactivos a menudo se metilan, por lo que este método se puede usar para una variedad de propósitos, desde determinar regiones activas de un genoma hasta identificar regiones ricas en genes. En la secuenciación de bisulfito, las citosinas metiladas no se ven afectadas por el proceso de secuenciación, mientras que las citosinas no metiladas se convierten en uracilo, un nucleótido que generalmente no se encuentra en el material genético, el ácido desoxirribonucleico (ADN).

Este método es muy sensible a los cambios en la metilación, por lo que pequeños cambios en la unión pueden proporcionar a los investigadores información específica sobre nucleótidos particulares. El bisulfito de sodio convierte la citosina en uracilo, pero la conversión ocurre en un entorno donde la citosina metilada no sufrirá este cambio. Cuando se completa la secuenciación de bisulfito, el ADN original se convierte en una molécula significativamente diferente. Las citosinas estarán muy agotadas o potencialmente ausentes. Si todavía se encuentra una citosina en esta molécula convertida, representa una citosina metilada naturalmente en el genoma en consideración.

Como todos los protocolos experimentales, la secuenciación de bisulfito tiene inconvenientes. Su inconveniente más significativo es que requiere una concentración de sal muy alta para funcionar correctamente. La sal fomenta el recocido del ADN monocatenario en su doble hélice más natural, y el bisulfito de sodio no siempre puede llegar a las citosinas cuando forman parte del ADN bicatenario. Si la concentración de sal es demasiado alta, es posible que varias citosinas no se conviertan en uracilo, lo que da como resultado una identificación falsa de citosinas metiladas dentro de un genoma. Los agentes desnaturalizantes pueden ser necesarios para minimizar el número de identificaciones falsas positivas.

No son necesarias grandes cantidades de datos genómicos para la secuenciación de bisulfito, por lo que el método tiene una aplicación útil para analizar muestras clínicas. La fuente original de ácido nucleico no importa, pero la fuente debe ser ADN. En teoría, el ácido ribonucleico (ARN) podría secuenciarse usando este método, ya que la mayoría del ARN es monocatenario y no sería tan susceptible a los falsos positivos debido a los nucleótidos bloqueados. Sin embargo, cuando se pone en práctica, la secuenciación de bisulfito no es útil para el ARN, porque el ARN naturalmente contiene uracilo. Sin algún tipo de marca externa o adición al protocolo, las citosinas convertidas serían indistinguibles del uracilo natural.

Al emprender cualquier tipo de metodología de secuenciación, la precisión y la precisión son esenciales. Los métodos sensibles como la secuenciación de bisulfito ofrecen un medio confiable de análisis de secuencia, que a su vez permite el análisis de genes y la identificación de objetivos para medicamentos y terapias. Aunque este método no se puede usar en personas vivas, puede ser de gran ayuda con solo las muestras de tejido más pequeñas para trabajar.